按圖索驥:空間組學(xué)開啟生命微觀世界新紀(jì)元 ——系列紀(jì)錄片《探尋生命的秘密》第二部“空間多組學(xué)”即將上映
空間組學(xué)(Space omics)是一種研究細(xì)胞中分子在空間上的分布和功能的技術(shù),可以幫助科學(xué)家更好地理解生物過程的本質(zhì)和機(jī)制。空間組學(xué)是將多組學(xué)數(shù)據(jù)映射到原位表達(dá)剖面圖譜中,以深入分析細(xì)胞和分子表達(dá)圖譜的空間分布特征,為揭示生理和病理過程提供新見解的技術(shù)[1]。自《Nature Methods》于2021年將空間組學(xué)選為年度技術(shù)以來,在很短的時(shí)間內(nèi),它已經(jīng)從一個(gè)小眾技術(shù)發(fā)展成為一種標(biāo)準(zhǔn)化和廣泛應(yīng)用的技術(shù)。世界經(jīng)濟(jì)論壇發(fā)布《2023年十大新興技術(shù)報(bào)告》,報(bào)告評(píng)選了未來Z有潛力對(duì)世界產(chǎn)生積極影響的十大新興技術(shù),空間組學(xué)入選其中[2]。
前沿新興生物技術(shù)
國家“十四五”戰(zhàn)略規(guī)劃中明確提出了我國生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)要推動(dòng)以創(chuàng)新引領(lǐng)的發(fā)展路線,空間組學(xué)技術(shù)作為極具潛力的前沿新興生物技術(shù),將有望成為我國健康產(chǎn)業(yè)發(fā)展之路的關(guān)鍵技術(shù)引擎之一。
其中空間代謝組學(xué)專注于研究新陳代謝在健康和疾病中的關(guān)鍵作用,該領(lǐng)域涉及包括:腫瘤微環(huán)境、免疫細(xì)胞在穩(wěn)態(tài)和免疫治療期間的功能、宿主和微生物群之間的相互作用及其對(duì)炎癥的影響、表觀遺傳學(xué)的代謝調(diào)節(jié)以及機(jī)體感染期間的代謝失調(diào)和炎癥[3]。上述基礎(chǔ)研究可以幫助科研人員探究復(fù)雜疾病,如:阿爾茨海默病和類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的機(jī)制、腫瘤代謝微環(huán)境與腫瘤免疫逃逸、篩選生物標(biāo)志物、探索腫瘤耐藥機(jī)制與精準(zhǔn)用藥等[4]。
推動(dòng)“細(xì)胞圖譜”研究
空間組學(xué)的發(fā)展,為推動(dòng)開發(fā)新一代分子水平的“細(xì)胞圖譜”提供了路徑,通過將成像技術(shù)與DNA測(cè)序的特異性和分辨率相結(jié)合,在分子水平上詳細(xì)描述了發(fā)生在人類和其他物種身上的無數(shù)生物過程。例如,利用空間組學(xué),科學(xué)家們找到了兩棲動(dòng)物美西螈受傷大腦的自我愈合機(jī)制[5],發(fā)現(xiàn)腫瘤中的各種細(xì)胞類型定制治療方案[6]。
實(shí)現(xiàn)生命體研究從平面到立體
在生物體組織系統(tǒng)中,細(xì)胞的功能與其空間位置和周圍的微環(huán)境密切相關(guān),探索細(xì)胞在空間環(huán)境中的功能對(duì)于發(fā)現(xiàn)生物信息過程至關(guān)重要[7]。以往的生物學(xué)研究往往依賴于將細(xì)胞和組織研磨成均一的樣本進(jìn)行分析,雖然這種方法能提供豐富的分子信息,但無法了解這些分子在生物體內(nèi)的具體位置,而空間信息對(duì)于理解生物過程及其關(guān)鍵。
比如惡性腫瘤的發(fā)展不僅涉及到突變的累積,還與腫瘤微環(huán)境中各種細(xì)胞類型的相互作用有關(guān),同時(shí)會(huì)隨著腫瘤進(jìn)展不斷演變。傳統(tǒng)的單細(xì)胞測(cè)序雖然已成為研究腫瘤異質(zhì)性的重要工具,但缺乏分析細(xì)胞空間信息的能力。單一的分子水平數(shù)據(jù)遠(yuǎn)遠(yuǎn)不足以揭示癌癥或其他復(fù)雜疾病的全貌,而空間組學(xué)的出現(xiàn)為解決這一難題提供了可能。
//未來展望
///
空間組學(xué)正逐漸改變我們對(duì)生命復(fù)雜性的認(rèn)識(shí),讓我們可以從整體和微觀水平對(duì)生物樣品進(jìn)行分析和觀測(cè),從而系統(tǒng)解析和揭示生物分子功能和機(jī)制,加速后繼研究,深度助力健康未來。
隨著空間多組學(xué)技術(shù)的革新,我們對(duì)生命的理解已進(jìn)入一個(gè)全新層次。這不僅是科學(xué)的一場(chǎng)革命,也是對(duì)未來研究的一種全新展望。因此丹納赫生命科學(xué)攜手國內(nèi)知名團(tuán)隊(duì)專家,帶您親歷這一技術(shù)的變革,展示空間多組學(xué)技術(shù)如何重塑我們對(duì)健康和疾病的認(rèn)知。
先睹為快,系列紀(jì)錄片《探尋生命的秘密》
第二部“空間多組學(xué)”即將上映
紀(jì)錄片將于4月15日晚8點(diǎn),丹納赫生命科學(xué)Bilibili官方號(hào)首映,并于4月19日丹納赫生命科學(xué)官方微信公眾號(hào)推送紀(jì)錄片重要知識(shí)要點(diǎn)整理與解讀。內(nèi)容豐富,不容錯(cuò)過,歡迎關(guān)注和觀賞。
丹納赫生命科學(xué)可提供空間組學(xué)整體解決方案,助力深入理解疾病機(jī)制,開發(fā)更高效的工作流程和研發(fā)更有效的治療方法。
LMD 6/7激光顯微切割系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)空間原位微量樣本的獲取
對(duì)于結(jié)構(gòu)復(fù)雜和異質(zhì)性高的生物組織或器官中的生物分子分析,樣品的精確捕獲至關(guān)重要。傳統(tǒng)的組織勻漿、生物分子提取、純化和富集等前處理過程可能丟失了分子水平在組織中的空間分布信息。丹納赫生命科學(xué)旗下徠卡顯微系統(tǒng)的激光顯微切割技術(shù)(Laser Microdissection, LMD) 可以將樣品組織或細(xì)胞樣品進(jìn)行精確切割,從而分離獲得特定位點(diǎn)多細(xì)胞/單細(xì)胞水平、純化、均一的樣品。
徠卡顯微系統(tǒng)的LMD 6/7激光顯微切割系統(tǒng)
Cell DIVE 超多標(biāo)組織成像分析系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)腫瘤微環(huán)境的深入研究
由于光源和熒光染料都存在一定的光譜范圍,大于十個(gè)標(biāo)記的實(shí)驗(yàn)通過單次成像容易出現(xiàn)串色,且數(shù)據(jù)分析復(fù)雜。如何在有限的樣本量上獲得更多的空間信息?徠卡的Cell DIVE 超多標(biāo)組織成像分析系統(tǒng)助力通過獲取細(xì)胞空間定位信息,對(duì)腫瘤微環(huán)境進(jìn)行深入解析, 從而提高腫瘤免疫治療的有效性。
徠卡顯微系統(tǒng)的Cell DIVE超多標(biāo)組織成像分析系統(tǒng)
自動(dòng)化工作站Biomek i7提供了完整自動(dòng)化樣品前處理解決方案
樣本制備的手動(dòng)步驟需要投入大量人工操作時(shí)間,在高通量條件下不同個(gè)人和實(shí)驗(yàn)室間的準(zhǔn)確性和重現(xiàn)性差異較大。樣品前處理是確保數(shù)據(jù)重現(xiàn)性、一致性的關(guān)鍵,對(duì)于穩(wěn)定的下游分析至關(guān)重要。使用自動(dòng)化工作站可以實(shí)現(xiàn)高移液精度、減少移液誤差,安全、快速、準(zhǔn)確的完成樣品前處理,提高樣本處理通量,保障后續(xù)實(shí)驗(yàn)的均一性和重現(xiàn)性。
貝克曼庫爾特生命科學(xué)的Biomek i7自動(dòng)化工作站
Triple Quad 7500 LC-MS/MS 系統(tǒng)- QTRAP Ready實(shí)現(xiàn)高靈敏度組學(xué)分析
相比DNA和RNA,細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和代謝物無法擴(kuò)增,組織微區(qū)內(nèi)提供的用于分析的代謝物濃度低、體積小,一些極為稀少的代謝物需要更加靈敏的檢測(cè)方法。 7500系統(tǒng)以更高的檢測(cè)靈敏度,在痕量濃度水平進(jìn)行精準(zhǔn)定量分析。
的Triple Quad 7500
LC-MS/MS 系統(tǒng)- QTRAP Ready
高分辨質(zhì)譜ZenoTOF 7600 系統(tǒng)助力準(zhǔn)確鑒定及差異結(jié)構(gòu)表征
全景發(fā)現(xiàn)和準(zhǔn)確鑒定,采用 ZenoTOF串聯(lián)高分辨質(zhì)譜,結(jié)合Zeno? SWATH DIA高靈敏度全景質(zhì)譜采集技術(shù),可以無偏地對(duì)蛋白質(zhì)、代謝物和脂質(zhì)進(jìn)行質(zhì)譜信號(hào)采集及差異分析。同時(shí),利用碰撞誘導(dǎo)解離(CID)及電子活化解離(EAD)技術(shù),對(duì)差異大分子及小分子進(jìn)行準(zhǔn)確鑒定及結(jié)構(gòu)表征。創(chuàng)新多重碎裂技術(shù)及更高靈敏度,融合定性的靈活性與定量功能。
的高分辨質(zhì)譜ZenoTOF? 7600 系統(tǒng)
參考資料
1. He, L., Wang, W., Dang, K., etal. Integration of single-cell transcriptome and proteome technologies: Toward spatial resolution levels. 2023, VIEW, 4: 20230040.
2. World Economic Forum, 2023. Top 10 Emerging Technologies of 2023 report.
3. Alexandrov.T. Spatial metabolomics and imaging mass spectrometry in the age of artificial intelligence. Annual review of biomedical data science. 2020, 3: 61.
4. DeBerardinis, R.J. and Keshari, K.R. Metabolic analysis as a driver for discovery, diagnosis, and therapy. Cell. 2022, 185: 2678 .
5. Lust, Katharina, Ashley Maynar, Toma?s Gomes, et al. Single-Cell Analyses of Axolotl Telencephalon Organization. Neurogenesis and Regeneration. Science, 2022, 377: 1061.
6. JJ Zhang, JH Yin, H Yang, et al., Spatiotemporal Omics-Refining the Landscape of Precision Medicine. Life Medicine, 2022,1 : 84.
7. Bressan, D., Battistoni, G. and Hannon, G.J. The dawn of spatial omics. Science, 2023, 381, 499.
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