干貨!一文助你選到合適的寡核苷酸合成載體!
寡核苷酸藥物(Oligonucleotide drug,又名小核酸藥物)藥物機(jī)理為直接作用于疾病的遺傳物質(zhì) (DNA/RNA) 靶點(diǎn)發(fā)揮治療作用,因其具有設(shè)計(jì)簡(jiǎn)便、研發(fā)周期短、靶點(diǎn)豐富、特異性強(qiáng)、藥效持久等獨(dú)特優(yōu)勢(shì),被譽(yù)為繼抗體后的第三代創(chuàng)新藥。中國(guó)的小核酸藥物近年來(lái)發(fā)展迅速,潛力巨大,目前,中國(guó)在開(kāi)發(fā)的小核酸管線數(shù)量總數(shù)超過(guò)345條(其中118條為gRNA等管線)80%以上的中國(guó)在研管線還處于臨床早期。
寡核苷酸藥物常用的合成方法為固相亞磷酰胺法也稱為固相合成方法。而在固相合成過(guò)程中,合成載體起了重要的作用。固相合成載體按載體性質(zhì)和特征主要分為兩大類:可控微孔玻璃 (CPG) 和聚苯乙烯 (PS) 。前者具有良好剛性、不溶脹、可控孔徑等優(yōu)點(diǎn),但是由于CPG很難做到高的負(fù)載量(通常<100 μmol/g),通常在目前主要應(yīng)用于gRNA合成、引物合成、檢測(cè)探針合成和早期藥物篩選。PS載體具有高負(fù)載量 (350 μmol/g) 的優(yōu)點(diǎn),可以適用于大部分的核酸序列。
CPG球孔結(jié)構(gòu)
PS顯微鏡下微球結(jié)構(gòu)
在以往的載體選擇中,通常選擇的首要指標(biāo)是合成后的粗品純度、目標(biāo)產(chǎn)品收率以及雜質(zhì)等情況,載體本身有哪些特性會(huì)影響上述指標(biāo)的表現(xiàn)呢?以下就PS載體與大家探討一款好的合成載體應(yīng)具有的優(yōu)勢(shì):
01
不同試劑的穩(wěn)定性
除了最初與Linker結(jié)構(gòu)發(fā)生鍵合(即載體的功能化)以外,固相載體本身不應(yīng)該在隨后的合成反應(yīng)中參與合成或者受到合成過(guò)程中的溶劑影響。固相合成通常分為四個(gè)步驟:脫保護(hù)->活化與偶聯(lián)->氧化/硫化->蓋帽,在合成過(guò)程中會(huì)涉及到多種溶劑,常見(jiàn)的包含:脫保護(hù)試劑二氯乙酸 (DCA) 甲苯溶液或者二氯甲烷溶液、乙腈 (ACN) 溶液、氧化試劑溶于吡啶溶劑、活化試劑 (BTT) 、DEA溶液(二乙胺)等。由于在合成過(guò)程中,每一個(gè)堿基都在不同的溶劑中切換,因而載體本身在不同溶劑中的穩(wěn)定性很重要。
圖示1:寡核苷酸合成的四個(gè)步驟與核酸合成在不同溶劑中的變化
02
不同試劑間的溶脹差異
對(duì)于PS樹脂,在乙腈和甲苯以及乙腈與氧代試劑的切換過(guò)程中,溶脹系數(shù)變化對(duì)于合成結(jié)果也很重要,如果在合成過(guò)程中切換不同溶劑間的溶脹系數(shù)差異過(guò)大,會(huì)造成合成中壓力的瞬時(shí)上升,影響合成結(jié)果。
圖示2:載體在寡核苷酸合成步驟中接觸到不同溶劑的變化
03
粒徑分布均一且適宜
在固相合成中,容納載體的合成柱的篩板大部分在10 um左右,載體的粒徑分布需要均一。粒徑過(guò)小,容易卡在固相合成的篩板處,造成合成過(guò)程中壓力上升。粒徑過(guò)大導(dǎo)致單位質(zhì)量體積增加,比表面積減小影響載體本身在合成柱中的裝填量,影響單柱的產(chǎn)出。除了合適的粒徑,粒徑分布也需要均一。粒徑分布偏差大,過(guò)于分散,會(huì)在載體溶脹過(guò)程中造成小粒徑的球體卡在大球之間的縫隙中,造成合成過(guò)程中的壓力上升現(xiàn)象,影響最終合成的結(jié)果。(當(dāng)然合成過(guò)程中壓力變化有很多因素導(dǎo)致,不一定完全由粒徑大小和粒徑分布導(dǎo)致,需要具體問(wèn)題具體分析。)
04
良好的剛性結(jié)構(gòu)
載體本身應(yīng)該具備一定的機(jī)械強(qiáng)度,在寡核苷酸合成過(guò)程中,不同載體之間由于試劑的切換和載體本身在不同試劑中的溶脹變化會(huì)造成載體之間的擠壓和摩擦,同時(shí)隨著合成反應(yīng)的進(jìn)行,載體與偶聯(lián)在載體上的目標(biāo)物逐漸漲大,會(huì)逐漸充滿合成柱的上下篩板。載體本身的機(jī)械強(qiáng)度對(duì)于合成結(jié)果有直接的影響:摩擦和擠壓如果造成載體的破碎會(huì)影響最終的合成結(jié)果。
圖示3:載體合成過(guò)程中隨著時(shí)間推移,柱床高度變化
05
合適的基團(tuán)密度/分布與合適的裝填系數(shù)的結(jié)合
一款載體本身的載量會(huì)影響最終的合成效率,在同樣或者接近的裝填密度下,在合成過(guò)程中高的載量會(huì)帶來(lái)高的合成產(chǎn)出。然而合成載量并非越高越好,高的載體載量通常會(huì)帶來(lái)合成過(guò)程中更高的空間位阻,影響最終的目標(biāo)序列的合成。當(dāng)然如果載體可以滿足其他以上提到的優(yōu)良性質(zhì),可以考慮在同樣的裝填系數(shù)下選擇高載量的載體。
06
裝填系數(shù)的摸索
一款好的載體除了以上因素外,載體開(kāi)發(fā)者應(yīng)摸索出適合載體的合適裝填系數(shù)。載體裝填系數(shù)偏低,單柱的合成的目標(biāo)序列降低,降低了合成效率,增加了合成成本。裝填系數(shù)過(guò)高,容易造成合成過(guò)程中最后幾個(gè)堿基合成的超壓,影響目標(biāo)序列的最終步驟的合成。
圖4:基于寡核苷酸長(zhǎng)度利用Primer Support 5G進(jìn)行合成的裝柱密度建議
07
批次間的穩(wěn)定性
優(yōu)質(zhì)載體供應(yīng)商應(yīng)具有較好的批量生產(chǎn)能力。小規(guī)模的樣品制備所達(dá)到的載體的載量、溶脹、粒徑大小、粒徑分布、孔徑大小等指標(biāo)應(yīng)在放大生產(chǎn)的過(guò)程中可以重現(xiàn)同樣的產(chǎn)品質(zhì)量。
08
支持長(zhǎng)鏈的合成
PS樹脂由于高載量,與CPG相比對(duì)于合成長(zhǎng)鏈有更大的空間位阻。而現(xiàn)在CPG載體由于載量低,合成過(guò)程中容易破碎等問(wèn)題,對(duì)于長(zhǎng)鏈合成的產(chǎn)出造成了一定的影響。尤其對(duì)于后續(xù)的放大生產(chǎn)而言,由于載體破碎和載量較低會(huì)造成合成成本的上升。PS樹脂的載量較高,合成中相對(duì)不易破碎,部分優(yōu)質(zhì)載體可以支持長(zhǎng)鏈合成。不同偶聯(lián)效率對(duì)于長(zhǎng)鏈核酸合成的得率影響很大。
圖5:不同耦聯(lián)效率下的FLP得率
PS5G第五代固相載體
高效合成寡核苷酸
Primer Support 5G(簡(jiǎn)稱PS5G)是來(lái)自用于合成寡核苷酸的第五代固相載體。PS5G在不同試劑中產(chǎn)品表現(xiàn)穩(wěn)定,批次間穩(wěn)定性好,支持優(yōu)化合成長(zhǎng)度達(dá)70個(gè)堿基(總部合成實(shí)驗(yàn)中,支持了84nt序列的DNA合成)的DNA和RNA寡核苷酸。載體的基本粒子由交聯(lián)聚苯乙烯組成,具有較高的粗純度和合成收率。
該產(chǎn)品優(yōu)勢(shì):
高載量:對(duì)于DNA和RNA寡核苷酸的合成,DNA和RNA的載量分別為350 umol/g和300 umol/g;
合成成本低:高載量、低雜質(zhì),節(jié)省了合成時(shí)間,提升了合成效率;
易于放大:Primer Support 5G?固相載體具有從科研到工業(yè)規(guī)模的卓越可放大性;
提供定制服務(wù):為DNA和RNA提供定制的固相載體服務(wù),可以使用幾乎任何您選擇的分子;
支持長(zhǎng)鏈合成:這種載體支持優(yōu)化合成長(zhǎng)度達(dá)70個(gè)堿基(總部合成實(shí)驗(yàn)中,支持了84nt序列的DNA合成)的DNA和RNA寡核苷酸。
年底收官大促
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